Na Bahia, o novo regime vem a se consolidar de forma semelhante ao das outras províncias, com o Exército, “em nome do povo”, proclamando a República.

Segundo o deputado César Zama, havia na Bahia, no máximo, cinco republicanos até o 15 de novembro de 1889. As notícias do golpe militar na Corte causam grande perplexidade. A Câmara Municipal de Salvador, em reunião plenária, aprova um documento de repulsa ao novo regime: “Povo Baiano! Esta província não pode ser enfeudada às precipitações de um general que queira, de um dia para outro, por arbítrio seu, por pesadelo ou por ambição, uma situação nova para o país, contra a opinião geral dele, dispensando o concurso dos representantes naturais e legais. Estejamos certos de que a reação contra essa ditadura violenta começará na Corte e se prolongará pelas províncias. Este sistema oriundo da surpresa e da traição não pode continuar, porque não pode ser apoiado pelos amigos das liberdades públicas e dos direitos do povo”.

Os políticos locais acreditavam que o restante do país também se manifestaria contrariamente à nova ordem. Além disso, o marechal Hermes da Fonseca, comandante militar da região e irmão de Deodoro da Fonseca, também não apoia de imediato a ação dos republicanos. Mas, uma vez frustradas as expectativas dos monarquistas quanto à eclosão no país de movimentos favoráveis ao imperador, só resta à Câmara Municipal de Salvador voltar atrás e empossar o novo governador designado pelo governo provisório do Rio de Janeiro, especialmente quando são dadas as garantias de manutenção da ordem pública e respeito à propriedade.

O governador originalmente nomeado é o médico Manoel Vitorino, indicado por Rui Barbosa, ministro da Fazenda do governo provisório. Inicialmente Vitorino fica temeroso em assumir o cargo, dado o confuso quadro político que ainda se desenrola no país, no qual não se descarta
mesmo a possibilidade de eclosão de um movimento restaurador da Monarquia. Como nada disso vem a ocorrer, a 25 de novembro Vitorino toma posse como governador da Bahia.

Com o novo regime, a antiga província – e depois estado da Bahia – perde projeção política. Se os dois grandes políticos da última década do Império eram baianos – o barão de Cotegipe, pelos conservadores, e o conselheiro José Antônio Saraiva, pelos liberais, com o advento da
República o estado é com alguns ministérios de um ou outro presidente e, eventualmente, o posto decorativo de vice-presidente. O afastamento do primeiro plano do cenário político nacional vem aprofundar ainda mais, no estado, o quadro de decadência econômica que já era visível nos estertores do Segundo Reinado.